基本信息

英文標(biāo)題：RAB6B is a potential prognostic marker and correlated with the remolding of tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma.

中文標(biāo)題：RAB6B是肝細(xì)胞癌潛在的預(yù)后標(biāo)志物，并與腫瘤免疫微環(huán)境重塑相關(guān)

發(fā)表期刊：《Frontiers in Pharmacology》

影響因子：5.6

作者單位：東南大學(xué)醫(yī)學(xué)院、連云港市第二人民醫(yī)院(連云港腫瘤醫(yī)院)、邢臺市癌癥控制研究所等

作者信息：Hao Peng，Erwei Zhu，Jitao Wang，Xuanlong Du，Chonggao Wang，Meng Yang，Yewei Zhang.

研究背景

肝細(xì)胞癌(HCC)是原發(fā)性肝癌中最常見和致死率較高的類型。

Ras相關(guān)結(jié)合蛋白(Rab)蛋白家族是Ras超家族小GTP酶中最大的家族，主要參與膜運輸過程。

RAB6B是Rab GTP酶家族的成員，在多種腫瘤中表現(xiàn)出調(diào)控異常。

目前，RAB6B在HCC中的臨床意義及其與免疫細(xì)胞和基質(zhì)浸潤的相關(guān)性尚不明確。

研究方法

使用TIMER、HCCDB、UALCAN和HPA數(shù)據(jù)庫檢查了HCC中RAB6B mRNA和蛋白的表達(dá)。

通過cBioPortal和COSMIC數(shù)據(jù)庫分析了RAB6B的遺傳變異。

利用TIMER、TISIDB和GEPIA數(shù)據(jù)庫探索了RAB6B與腫瘤浸潤免疫細(xì)胞和癌癥相關(guān)成纖維細(xì)胞之間的相關(guān)性。

基于LinkedOmics研究了RAB6B的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。

通過GDSC和CTRP數(shù)據(jù)庫分析了藥物的敏感性。

在HCC細(xì)胞系中用siRNA敲低RAB6B。

通過EdU實驗檢測細(xì)胞的增殖能力，使用流式細(xì)胞術(shù)比較細(xì)胞凋亡能力的差異，以及使用MTT評估體外藥物敏感性。

實驗結(jié)果

圖1：展示了RAB6B在HCC組織中的表達(dá)水平。

TIMER2.0數(shù)據(jù)庫顯示，RAB6B在肝細(xì)胞癌(LIHC)組織中表達(dá)上調(diào)，差異具有統(tǒng)計學(xué)意義(*p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001)。

HCCDB數(shù)據(jù)庫中的六個HCC隊列表明，與鄰近的肝臟組織相比，RAB6B在HCC組織中高度表達(dá)。

UALCAN數(shù)據(jù)庫表明，與正常肝臟組織相比，HCC組織中的RAB6B mRNA表達(dá)水平增加，差異具有統(tǒng)計學(xué)意義(***p < 0.001)。

TCGA數(shù)據(jù)庫表明，50例HCC組織中的RAB6B表達(dá)水平高于其配對的鄰近正常肝臟組織，差異具有統(tǒng)計學(xué)意義(***p < 0.001)。

CPTAC數(shù)據(jù)集中的結(jié)果表明，HCC組織中的RAB6B蛋白水平高于正常組織，差異具有統(tǒng)計學(xué)意義(***p < 0.001)。

HPA數(shù)據(jù)庫中的免疫組化(IHC)圖像顯示，RAB6B在HCC組織(右側(cè)圖像)中的表達(dá)高于正常肝臟組織(左側(cè)圖像)。

盒形圖表明，RAB6B的表達(dá)與HCC患者的T期顯著相關(guān)(*p < 0.05，ns = 無顯著性)。

盒形圖顯示，RAB6B的表達(dá)與組織學(xué)分級相關(guān)(**p < 0.01)。

表格1：RAB6B表達(dá)與TCGA數(shù)據(jù)庫中HCC患者臨床特征的相關(guān)性。

RAB6B的表達(dá)與患者的年齡無顯著相關(guān)性(P值0.4771)。

RAB6B的表達(dá)與性別無顯著相關(guān)性(P值0.1847)。

RAB6B的表達(dá)與AFP水平無顯著相關(guān)性(P值0.2226)。

RAB6B的表達(dá)與腫瘤分期(I、II、III、IV期)有關(guān)，但僅與II期有關(guān)(P值0.0337)。

RAB6B的表達(dá)與T分期(T1、T2、T3、T4)有關(guān)，但僅與T1期有關(guān)(P值0.0211)。

RAB6B的表達(dá)與M分期(M0、M1)無顯著相關(guān)性(P值1)。

RAB6B的表達(dá)與N分期(N0、N1)無顯著相關(guān)性(P值0.67)。

RAB6B的表達(dá)與腫瘤分級(G1、G2、G3、G4)無顯著相關(guān)性(P值0.089)。

圖2：展示了RAB6B在HCC患者中的預(yù)后和診斷價值。

Kaplan-Meier生存分析顯示，與低RAB6B表達(dá)的患者相比，高RAB6B表達(dá)的患者總體生存期(OS)和疾病特異性生存期(DSS)均較短(A和B)。

單因素COX分析揭示，T分期、M分期和RAB6B表達(dá)是影響HCC患者生存率的顯著因素(C)。

多因素COX分析表明，T分期和RAB6B表達(dá)是HCC患者中獨立的預(yù)后因素(D)。

ROC曲線用于評估高RAB6B水平對HCC患者的診斷價值(E)。

時間依賴性生存ROC曲線分析用于預(yù)測1年、3年和5年的生存率(F)。

結(jié)合臨床病理特征和RAB6B水平的Nomogram被構(gòu)建，用于預(yù)測TCGA數(shù)據(jù)集中1年、3年和5年的預(yù)后概率(G)。

圖3：展示了HCC中RAB6B突變的景觀。

通過cBioPortal數(shù)據(jù)庫，可以了解HCC中RAB6B的遺傳變異情況。

TCGA數(shù)據(jù)顯示了RAB6B在HCC中的突變頻率。

RAB6B的拷貝數(shù)與mRNA表達(dá)之間存在相關(guān)性。

RAB6B突變在HCC中涉及多個蛋白質(zhì)域。

直方圖和餅圖展示了HCC中RAB6B突變的分布情況。

圖4：展示了RAB6B表達(dá)與HCC中腫瘤浸潤免疫細(xì)胞的相關(guān)性。

RAB6B表達(dá)與HCC患者的免疫評分、基質(zhì)評分和估計評分呈正相關(guān)。

RAB6B表達(dá)與HCC中浸潤的免疫細(xì)胞數(shù)量相關(guān)。

RAB6B表達(dá)與HCC中不同類型的免疫細(xì)胞存在關(guān)聯(lián)。

RAB6B表達(dá)與HCC中的免疫亞型有關(guān)。

RAB6B表達(dá)與HCC中的分子亞型有關(guān)。

RAB6B表達(dá)與HCC中巨噬細(xì)胞、中性粒細(xì)胞和髓源性抑制細(xì)胞的豐度相關(guān)，且這些細(xì)胞與患者的生存率有關(guān)。

圖5：展示了RAB6B表達(dá)與免疫相關(guān)分子和細(xì)胞的關(guān)系。

RAB6B在CD8+T細(xì)胞中富集。

RAB6B表達(dá)與多種免疫檢查點分子正相關(guān)。

RAB6B表達(dá)與TGFB1和IL10正相關(guān)。

RAB6B與多種免疫相關(guān)分子、細(xì)胞因子和受體相關(guān)。

RAB6B表達(dá)與Treg細(xì)胞、MDSC和M2巨噬細(xì)胞浸潤正相關(guān)，與M1巨噬細(xì)胞浸潤負(fù)相關(guān)。

圖6：展示了RAB6B相關(guān)基因的功能富集分析。

河圖顯示了與RAB6B共表達(dá)的HCC基因的輪廓，包括高表達(dá)和低表達(dá)的基因。

熱圖展示了與RAB6B表達(dá)正相關(guān)和負(fù)相關(guān)的基因，揭示了RAB6B在HCC中的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

KEGG分析揭示了HCC中RAB6B共表達(dá)基因的功能通路，可能涉及細(xì)胞信號傳導(dǎo)、代謝、腫瘤發(fā)生等。

GO分析從生物過程、細(xì)胞組分分子功能等多個角度對RAB6B共表達(dá)基因進(jìn)行功能富集，提供了對RAB6B功能影響的多維度理解。

圖7：展示了癌相關(guān)成纖維細(xì)胞(CAF)浸潤與RAB6B表達(dá)在HCC中的相關(guān)性。

RAB6B的表達(dá)與HCC中CAF的浸潤水平正相關(guān)。

RAB6B的表達(dá)與CAF的多個標(biāo)記物以及膠原蛋白相關(guān)蛋白的表達(dá)正相關(guān)。

RAB6B的上調(diào)與膠原蛋白的形成和細(xì)胞外基質(zhì)組織的基因集富集相關(guān)。

通過HCCDB數(shù)據(jù)庫構(gòu)建了RAB6B的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)，這可能揭示了RAB6B在HCC發(fā)展中的潛在作用機制。

圖8：展示了RAB6B表達(dá)與藥物反應(yīng)的相關(guān)性。

RAB6B mRNA表達(dá)與GDSC和CTRP數(shù)據(jù)庫中列出的前30種藥物的敏感性相關(guān)。

該分析可能揭示了RAB6B表達(dá)水平與癌癥對多種藥物治療的反應(yīng)之間的關(guān)系。

通過點圖展示，可以觀察到RAB6B mRNA表達(dá)水平與藥物敏感性之間的潛在聯(lián)系。

圖9：展示了敲低RAB6B對HCC細(xì)胞增殖、凋亡和藥物敏感性的影響。

qRT-PCR實驗表明，不同HCC細(xì)胞系中存在RAB6B mRNA表達(dá)。

使用siRNA轉(zhuǎn)染HCC細(xì)胞后，RAB6B的表達(dá)被有效敲低。

敲低RAB6B后，HCC細(xì)胞的增殖被抑制。

敲低RAB6B也導(dǎo)致HCC細(xì)胞的凋亡增加。

敲低RAB6B的HCC細(xì)胞對順鉑的敏感性增加。

所有實驗結(jié)果都展示了統(tǒng)計學(xué)顯著性，其中p值小于0.05、0.01和0.001分別表示統(tǒng)計學(xué)差異顯著。

研究結(jié)論

RAB6B在肝細(xì)胞癌(HCC)組織中高表達(dá)。

RAB6B高表達(dá)與肝細(xì)胞癌患者的預(yù)后不良相關(guān)。

RAB6B通過招募免疫細(xì)胞和誘導(dǎo)CD8+T細(xì)胞疲勞，促進(jìn)免疫抑制微環(huán)境的形成。

對RAB6B的基因組變異、功能富集和潛在靶向藥物進(jìn)行了分析。

體外實驗證明敲除RAB6B能夠抑制腫瘤細(xì)胞增殖、促進(jìn)細(xì)胞凋亡，并提高對順鉑的敏感性。